蒙上帝恩佑，從新堂建成後至九十年代期間，堂務不斷發展，無論參加崇拜或小組團契的人數均日見增多，地方早已不敷應用；並且當時建築物的保養及維修費用龐大，有見及此，於是在一九九零年尾展開重建禮拜堂之計劃。是次重建計劃採取與地產發展商合作形式，經四年多的籌備及三年半的建築，新廈在一九九八年落成，同年四月十一日舉行新堂「進堂禮」後，整座樓高廿三層的香港堂正式啟用。新堂新廈仍保留舊堂之建築特色，如鐘樓及以紅色為主色。

重建香港堂，不是為了擁有一座更宏偉新穎的建築物，而是秉承先賢在此地的建堂使命，讓她不單成為一間聚會的禮拜堂，更是一間教區的中央堂，結合宣教與服務 ，表揚進取性的傳福音精神，積極利用她的地利優勢，廣傳福音。香港堂將以使命宣言為她的前進目標：我們致力建立一間敬虔委身、具使命感、彼此關顧、創意更新和關懷社區的基督教會。